Semasa kuliah ia aktif di berbagai organisasi intra kampus maupun ekstra kampus antara lain pernah menjadi Ketua Biro Pendidikan Senat Mahasiswa FSUI (1992-1993), Sekretaris Umum Senat Mahasiswa FSUI (1993), Ketua Komisi Hubungan Luar Senat Mahasiswa UI (1993-1994). Fadli juga berkali-kali memimpin demonstrasi mahasiswa UI dalam isu-isu nasional dan internasional. Ia ikut memimpin jaringan aktivis mahasiswa di Jawa dan menghusung gagasan ”Gerakan Mahasiswa 1990-an”. Selain mendukung ”parlemen jalanan,” ia juga turut membentuk dan menghidupkan kelompok-kelompok studi di dalam kampus UI era awal 1990-an. Untuk kegiatan budaya, ia bergabung dengan Teater Sastra UI.
Di luar kampus, ia pernah menjadi Sekjen dan Presiden Indonesian Student Association for International Studies (ISAFIS) (1993-1995), pengurus pusat KNPI (1996-1999), pengurus pusat Gerakan Pemuda Islam (1996-1999), anggota Asian Conference on Religion and Peace (ACRP) sejak 1996. Dia sempat menjadi Wakil Ketua Yayasan BESTARI, sebuah LSM bidang anak-anak dengan aktivitas utama Rumah Dongeng Indonesia yang ikut menyebarkan dongeng pada anak-anak dan membina kreativitas anak-anak Indonesia (1991-1994). Di FDI (Forum Dialog Indonesia), sebuah forum dialog pemuda dan aktivis membicarakan berbagai perkembangan nasional di bidang ekonomi, politik dan budaya, dia dipercaya sebagai Tim Pelaksana Aktivitas (1994-1996). Selain itu, ia sering tampil sebagai pembicara dalam diskusi, seminar, konferensi dan training-training mahasiswa.
Tahun 1994, penggemar novel-novel Rusia ini terpilih menjadi Mahasiswa Berprestasi (Mawapres) I Universitas Indonesia dan Mahasiswa Berprestasi III tingkat Nasional. Menjadi visiting student di departemen politik National University of Singapore tahun 1995 dan memimpin delegasi mahasiswa Indonesia dalam ASEAN Varsities Debate IV (1994) di Malaysia.
Selama menjadi mahasiswa FSUI ia mendapat kesempatan mengikuti berbagai konferensi dan seminar di luar negeri antara lain menjadi ketua delegasi mahasiswa Indonesia dan panelis The 40th International Student Conference di Jepang (1993); pembicara di Simposium Dinamika Gerakan Mahasiswa Islam Asia Tenggara di Malaysia (1994); ketua delegasi pemuda Indonesia dalam Korea-ASEAN Youth Cooperative Project di Korea Selatan (1994); peserta Saemaul Undong Training di Korea Selatan (1994); observer gencatan senjata Filipina-Moro di Filipina (1995); ketua delegasi Indonesia dalam ASEAN Youth Day Meeting IV di Filipina (1995); pembicara dalam South East Asia University Student Conference di Malaysia (1995); peserta World Friendship Week di Virginia, Amerika Serikat (1995); Delegasi Indonesia dalam Konferensi LSM ke-48 di Markas Perserikatan Bangsa-Bangsa, New York (1995); Ketua Delegasi Indonesia dan pembicara dalam Asia-Pacific Youth Leadership Conference di Taipei, Taiwan (1996); pembicara Seminar National Build-up and Literary Process in South East Asia di Moskow dan St. Petersburg, Rusia (1996); Konferensi ACRP V di Thailand (1996); peserta Hitachi Young Leaders Initiative di Singapura (1997); dan lain-lain.
Tahun 2002, ia mendapat kesempatan belajar di London School of Economics and Political Science (LSE). Banyak pengalaman berharga yang didapatnya terutama mendapat kuliah dari intelektual-intelektual ternama. Fadli langsung dibawah pembimbing Prof. John Harriss, PhD (Director of Development Studies Institute, LSE) dan Prof. Robert Wade, PhD. Ia ikut beberapa organisasi seperti ASEN dan menjadi aktivis di LSE Stop the War Coalition (2002-2003) yang menentang invasi AS ke Irak. Sebagai ahli studi pembangunan, ia sering diundang sebagai pengajar tamu di Universitas Indonesia untuk program S1 dan S2 mata kuliah Ekonomi Politik dan International Development sejak 2005. Ia juga beberapa kali membimbing skripsi mahasiswa antara lain tentang pemikiran Joseph Stiglitz.
Fadli juga sering diundang sebagai narasumber dalam berbagai diskusi, seminar, konferensi dan talkshow di televisi dan radio. Televisi antara lain Metro TV, SCTV, RCTI dan ANTV. Radio antara lain Radio Elshinta. Namun yang cukup rutin adalah diskusi di Soegeng Sarjadi Forum, QTV. Di forum ini, ia berhadapan dengan banyak panelis membahas berbagai tema ekonomi, politik, internasional, sosial, dan budaya.
Aktivitas lain dalam organisasi petani HKTI memberi banyak pelajaran. Problem petani dan pertanian Indonesia ternyata cukup kompleks menyangkut kebijakan yang harus komprehensif dan kepemimpinan yang visioner. Fadli Zon aktif dalam beberapa forum internasional antara lain menjadi anggota Delegasi RI dalam Konferensi tingkat Menteri VI, World Trade Organization (WTO), Hongkong (13-18 Desember 2005). Kunjungan kerja Delegasi HKTI ke Vietnam (2006-2007); mengikuti konferensi ketahanan pangan di Jepang (2006), dan lain-lain. Ia juga anggota Dewan Gula (2005-2009), Wakil Ketua Tim Pengawas Pengadaan Beras Bulog (2007), Anggota Oversight Committee Impor Beras (2005 – 2007) dan Wakil Ketua ADIPBI (Asosiasi Distributor dan Pengecer Barang Bersubsidi Indonesia) (2006 – 2009).
